Právní úprava havárií na úseku vod je obsažena především v zákoně č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů. Některé aspekty dále upravuje zákon č. 239/2000 Sb., o integrovaném záchranném systému a o změně některých zákonů, ve znění pozdějších předpisů a částečně také zákon č. 224/2015 Sb., o prevenci závažných havárií způsobených vybranými nebezpečnými chemickými látkami nebo chemickými směsmi a o změně zákona č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích (zákon o prevenci závažných havárií), ve znění pozdějších předpisů. Došlo-li následkem havárie k ekologické újmě nebo k bezprostřední hrozbě jejího vzniku, postupuje se při ukládání preventivních a nápravných opatření podle zákona č. 167/2008 Sb., o předcházení ekologické újmě a o její nápravě a o změně některých zákonů, který je ve vztahu ke složkovým předpisům speciální právní úpravou.
Podle stávající legislativy se na řešení havárií podílí různou měrou tyto subjekty:
- vodoprávní úřady
- Česká inspekce životního prostředí (dále jen „ČIŽP“)
- složky integrovaného záchranného systému (dále jen „IZS“)
- správce povodí
- Ministerstvo vnitra, hejtman, starosta obce s rozšířenou působností
- Ministerstvo zdravotnictví
Podle § 41 odst. 3 vodního zákona náleží řízení prací při zneškodňování havárie vodoprávnímu úřadu. Tím je obecní úřad obce s rozšířenou působností, popř. krajský úřad při tzv. mimořádné situaci, kdy havárie přesáhne území správního obvodu obce s rozšířenou působností nebo možnosti obecního úřadu obce s rozšířenou působností [§ 107 odst. 1 písm. d) vodního zákona].
Právní úprava kompetencí jednotlivých subjektů podílejících se na řešení tzv. běžných havárií menšího rozsahu se jeví jako vyhovující. Dosavadní zkušenosti z praxe však ukazují, že pro řešení významných havárií, jež mají mimořádný rozsah, a které mohou způsobit mimořádně závažné zhoršení jakosti povrchových vod, je stávající úprava kompetencí jednotlivých orgánů nedostatečná a v případě havárií přesahujících území několika krajů rovněž nejasná. Nedostatečné určení kompetencí se rovněž projevilo v případě havárie na řece Bečvě, k níž došlo v září 2020 a při níž bylo zasaženo rozsáhlé území vodního toku Bečva a současně území několika obcí s rozšířenou působností jakož i území dvou krajů (Zlínského a Olomouckého kraje).
Dosavadní praxe zejména ukazuje, že vodoprávní úřady nejsou k řízení likvidačních prací při haváriích mimořádného rozsahu dostatečně vybaveny, a to zejména personálně, odborně a materiálně. Vodní zákon ani zákon o IZS navíc nestanovují přesný postup řešení havárií mimořádného rozsahu.
Platná právní úprava kompetencí jednotlivých orgánů (obsažená zejména v § 41 vodního zákona) podílejících se na likvidaci havárií, jakož i na šetření jejich příčin a následků je pro praxi nevyhovující a nejasná. Jako nežádoucí se rovněž jeví dvojkolejnost oprávnění k ukládání opatření k nápravě v případě havárií, kdy dle současné úpravy může nápravná opatření ukládat jak vodoprávní úřad, tak Česká inspekce životního prostředí (§ 42 odst. 1 a § 112 odst. 1 písm. b) vodního zákona). V praxi tak může dojít k nežádoucím situacím pozitivních i negativních kompetenčních sporů o to, který subjekt nápravná opatření uloží.
Co se týče kompetence jednotlivých orgánů a institucí podílejících se na řešení havárií, úpravy příslušných ustanovení vodního zákona byly podrobně projednány a dohodnuty na platformě odborné pracovní skupiny zřízené Ministerstvem životního prostředí, které se dále účastnili zástupci Ministerstva vnitra – generálního ředitelství Hasičského záchranného sboru ČR, Ministerstva zemědělství, Státního podniku Povodí Moravy, České inspekce životního prostředí a vodoprávních úřadů na úrovni Krajského úřadu (Zlínský kraj) a obce s rozšířenou působností (Valašské Meziříčí).
Za účelem realizace nápravných opatření nezbytných k odstranění závadného stavu způsobeného havárií zřizují kraje v rámci svého rozpočtu zvláštní účet (ročně doplňovaný do výše 10 000 000 Kč) – z něho jsou nápravná opatření financována v případě, že není znám původce havárie, a přitom hrozí závažné ohrožení nebo znečištění povrchových nebo podzemních vod. Dosavadní zkušenosti s aplikací tohoto ustanovení v praxi ukázaly na potřebu přesněji definovat způsob poskytování peněžních prostředků ze zvláštního účtu kraje a tím usnadnit jejich čerpání ze strany vodoprávních úřadů, které o ně žádají.
Jako nedostatečná a málo efektivní se dále jeví stávající právní úprava sankcí na úseku havárií, nedovoleného vypouštění odpadních vod s obsahem nebezpečných závadných látek a nakládáním se (zejména nebezpečnými) závadnými látkami v rozporu s § 39 vodního zákona kdy maximální výše pokut za vybrané přestupky neplní dostatečně svou preventivní funkci. Aby pokuta za přestupek naplnila svůj účel z hlediska individuální i generální prevence, musí být citelným zásahem do majetkové sféry pachatele (usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 4. 2010, čj. 1 As 9/2008-133). V případě úpravy sankcí došlo k výraznějšímu navýšení sankcí týkajících se právnických osob a podnikajících fyzických osob, kde je pravděpodobnost vzniku závažného přestupku daleko vyšší, než v případě fyzických osob.